De bestuursstructuur van Leerplein055 bestaat uit een Raad van Toezicht en het college van bestuur. De gemeenteraad van Apeldoorn, heeft naast haar wettelijke taken ten behoeve van het onderwijs, de bevoegdheid om zowel op de begroting als de jaarrekening van Leerplein055 haar zienswijze te geven. Deze zienswijze weegt mee bij de goedkeuring door de Raad van Toezicht en de vaststelling door het college van bestuur.
Het college van bestuur vormt het bevoegd gezag van Leerplein055 en is verantwoordelijk voor het beleid van de organisatie; de Raad van Toezicht houdt daar toezicht op. In de statuten van Leerplein055 zijn deze structuren vastgelegd. In de statuten van Leerplein055 zijn deze structuren vastgelegd. Op deze manier is het bestuur en het toezicht binnen de organisatie goed geregeld en ook duidelijk van elkaar gescheiden. Daarmee wordt tegemoet gekomen aan de bepalingen in de wet Goed Onderwijs Goed Bestuur. Een belangrijke stap, vooral in het belang van een professioneel bestuur en goed toezicht, hetgeen uiteindelijk ook ten goede komt aan de kwaliteit van het onderwijs op onze scholen.
Het college van bestuur en de scholen worden ondersteund door het bestuursbureau van Leerplein055. Daar zijn 13 medewerkers actief in de ondersteuning en de facilitering van onze scholen, met name op de terreinen onderwijskwaliteit, HR, ICT, financiën, facilitair en administratie.